Mekkeliler bu görüşmeleri haber aldıkları zaman başlatılan yeni baskılar, müslümanlara hicret kapılarını açtı. Hz. Peygamber'in izni ile Ashab-ı Kiram gruplar halinde ve çoğunlukla gizlice şehri terkedip Medine yolunu tuttular. Artık şehirde Hz. Peygamber ve ailesi, Hz. Ali, Hz. Ebûbekir ve ailesi ile hicrete imkan bulamamış olanlarla yakınları veya akrabaları tarafından hicretleri engellenmiş kimseler kalmıştı. Müslümanların Medine'de toplanarak zinde bir güç oluşturmaları, Mekkelileri ürküten ve korkutan bir husus olmuştu. Bu günlerde sık sık olağanüstü toplantılar yapan müşrikler, gizli bir celsede, karşılaşılan bu zor problemi çözme yollarını aradılar. Yegane kurtuluş yolu olarak Hz. Muhammed'in öldürülmesi görüldü. Kararlaştırılan komplonun icrası için hazırlıklar yapılırken Cebrail (a.s) vasıtasıyla durumdan haberdar olan Hz. Peygamber de hicret için hazırlığa koyuldu ve hicrette kendisine yol arkadaşlığı yapacak Hz. Ebûbekir'le önceden hazırladığı plan gereğince geceleyin Mekke'yi terketti. Uzun ve zaman zaman tehlikeli geçen yorucu bir yolculuktan sonra 8 Rebiulevvel pazartesi günü Medine'nin banliyösü Kubâ köyüne geldiği zaman Ensar ve Muhacirun'un O'nu karşılaması son derece heyecanlı ve içten olmuştu. Hz. Peygamber bu köy halkının ricası üzerine burada beş gün istirahat etti ve bu kısa istirahatı sırasında bilfiil kendisi de çalışarak bir mescid inşa ettirdi. Kuba'ya gelişinin beşinci günü sabahleyin buradan ayrılarak Medine şehrine yöneldi. Günlerden cuma idi. Öğle vakti Ranuna adlı mevkiye gelindiği vakit Hz. Peygamber burada durdu; ilk cuma hutbesini îrad etti ve ardından ilk cuma namazını kıldırdı. Sonra yoluna devam etti. Şehirde bir bayram havası vardı. Büyük küçük herkes yollara dökülmüş, coşkun bir tezahürat, sevgi ve saygıyla Hz. Peygamber'i karşılıyor, şehirilerine ve evlerine buyur ediyordu. Hz. Peygamber hiç kimsenin davetini reddetmiş olmamak ve hiç kimseyi kırmamak için uygun bir çare buldu ve üzerinde hicret ettiği devesi Kasvâ kendi haline bırakıldı; devenin çöktüğü yere en yakın evde Hz. Peygamber misafir olacaktı. Deve, şehrin orta tarafında iki yetim çocuğa ait boş bir arsada çöktü ve Hz. Peygamber kendisine ait hane-i saadetleri inşa edilinceye kadar buraya evi en yakın olan Ebû Eyyûb Halid b. Zeyd el-Ensarî Hazretlerinin evinde misafir kaldı. Böylece Hz. Peygamber'in hayatında ve davet faaliyetinde yeni bir dönem, Medine dönemi başlamış oluyordu. Medine'de Hz. Peygamber, İslam'a kucak açmış büyük bir kitleye kavuşmuştu; İslam'ın bağımsızlığı ve hakimiyetini ilan edeceği bir vatana da sahipti. Artık yapılacak şey, bu vatan sathında İslam cemaatını teşkilatlandırmak, insanların birbirleri ile olan münasebetlerini hak ölçüleri içerisinde düzenlemek ve hakkın hakimiyetini sağlayarak etrafa yaymaktı. Bunun için de bir devlete ihtiyaç vardı. Peygamber Efendimiz bu ihtiyacı gayet iyi bildiğinden, artık Medine'ye hicretin ilk günlerinden itibaren O'nun davet merhaleleri arasında "devletleşme diye adlandırdığımız safhayı gerçekleştirmek üzere çaba sarfetti. Kuruluş günlerini yaşayan İslam devleti'nin idare merkezi, hükümet binası, harp karargahı vs. gibi çok önemli hizmetler verecek olan Mescid'i inşa etti. Mescide bitişik olarak bina edilen suffa, İslam cemaatının bütün İslamî meselelerde eğitildiği ve gerekli bilgilerin öğretildiği önemli bir eğitim-öğretim müessesesi oldu. Bu sıralarda okunmaya başlanan ezan, sadece namaz vaktinin geldiğini bildiren bir ilan değil, aynı zamanda İslam hakimiyetini aleme haykıran bir sembol ve şiar idi. Komşu devletlerle münasebetlerin tanzimi için henüz hicri birinci senede ilk sınır tespiti gerçekleştirilmiş ve bu sınırlar içerisindeki müslümanların gücünü belirleme açısından Hz. Peygamber'in emri üzerine nüfus sayımı yapılmıştı. Ensar'dan bir kişi ile muhacirun'dan bir kişinin bir araya getirilerek İslam topluluğunun ikişer ikişer kardeşleştirilmesi ameliyesi demek olan muahat , başka bir çok faydaları yanısıra İslam Devleti'nin asıl unsurunu oluşturan müslümanlar arasında tam bir kaynaşma ve dayanışma sağlıyordu. Yine aynı senede hazırlanan anayasa, müslümanların olduğu kadar Medine'de bulunan müşrikleri ve Yahudileri de kapsamına alarak Hz. Peygamber'in devlet başkanlığını bu gayri müslim azınlıklara da kabul ettiriyor ve aynı ülkede yaşayan vatandaşlar olarak bu insanlar İslam'ın hakimiyet ve koruması altına alınarak devlet açısından güvenliğin sağlanması hedefleniyordu.
Hz. Peygamber, planlı ve sistemli bir şekilde İslam devletini teşekkül ettirmek için içte bu tedbirleri alırken, elbette ülke dışındaki güçleri de hesaba katmak gerekiyordu. Bu bakımdan komşu devletleri tanımak, İslam varlığını onların resmen tanımalarını sağlamak, iyi ilişkiler kurarak İslam'ın yayılmasına imkan hazırlamak üzere Hz. Muhammed, çevresindeki komşu kabileler ile ilişkiler kurdu. Bu arada müslümanlar Mekke'de evlerini barklarını, mallarını mülklerini terkederek dinleri uğrunda yurtlarından ayrılmış olmalarına rağmen İslam'a kin ve husumetleri durmak bilmeyen Kureyş müşriklerinin düşmanca faaliyetleri, onlara yönelik bazı askerî seferler düzenlenmesini gerekli kıldı. Hz. Peygamber'in hicretinden sonra Kureyş ileri gelenleri Medine'deki Yahudi ve münafık reislerine mektuplar ve haberler göndererek onları İslam'a karşı kışkırtıyor, kendileriyle işbirliğine çağırıyor, ayrıca kendilerine yardımcı olmadıkları takdirde sadece Müslümanları yok etmekle kalmayacaktarı, onlara yataklık ettikleri için gayri müslim de olsa Medine'deki herkesi cezalandıracakları tehdidini savuruyorlardı. Bu düşmanlık ve tehditler, sadece sözde kalmadı ve zamanla uygulamaya konuldu. Hicretin üzerinden henüz yeni bir yıl geçmişti ki Kürz b. Cabir el-Fihrî adlı bir müşrik, yanındakilerle birlikte Medine'nin dış meralarında otlayan sürülere bir baskın yaptı ve bir miktar zarara yol açtı. Bunun üzerine Hz. Peygamber, Kürz b. Cabir'i takibe çıkmış, bu tür tecavüzlerin tekrarlanmaması için gerekli tedbirleri de almıştır, işte bu tedbirlerden biri olarak çıkarılan Abdullah b. Cahş seriyyesinde ilk kez müslümanlarla müşrikler arasında çatışma çıktı ve kan döküldü (2/624). Bu çatışma sırasında müşrik ileri gelenlerinden Amr b. el-Hadramî öldürülmüştü: Harp için zaten fırsat kollayan Mekke müşrikleri bunun intikamı için derhal harekete geçtiler. Bu arada geliri ile harp masraflarını karşılamak üzere çıkarılan Ebû Süfyan kervanının Hz. Peygamber tarafından takip altına alınması, Kureyş'ir harp niyetini hızlandırdı ve Bedir Gazvesi vuku buldu (2/624). Bedir harbi, müşriklerin tam bir hezimeti ile sonuçlanmış ve İslam devleti azılı bir çok düşmanından kurtulmuştu. Bu arada Hz. Peygamber'in İslam devleti'nin vatandaşları kabul ettiği, bu sebeple de kendiler ile anlaşma yaparak can ve mal güvenliklerini sağladığı din ve vicdan hürriyetlerini tanıdığı Yahudi kabilelerinden Kaynuka oğulları'nın serkeşlikleri ortaya çıktı. Bedir savaşının sonucu karşısında duydukları üzüntü, Kureyşlilere ulaştırdıkları taziyeler, ikaz ve nasihatlara karşı serkeş tavırları ve bütün bunlara ilave olarak müslümanların ırz ve namuslarına tasallut edip bir de müslümanı öldürmeleri, Medine'den onların sürülmeleri neticesini doğurdu. (2/624). Böylece İslam devleti bizzat içte önemli bir tehlikeyi ve bir çıbanbaşını bertaraf etmiş oluyordu. Bunu izleyen yıllarda vuku bulan ve islam tarihi kaynaklarının bütün teferruatı ile naklettiği Uhud , Benu'n-Nadir, Benül-Mustalık, Hendek, Benü Kureyza Hayber, Mekke fethi, Huneyn, ve Tebük gibi büyük gazveler başta olmak üzere Hz. Peygamber'in bütün seferleri ile çıkarılan bir seri seriyye hep İslam devtetinin giderek daha da güçlenmesini sağlamıştır. Ayrıca bütün bu seferler ve muharebeler, Hz. Peygamber'in eşsiz bir komuta gücüne, büyük bir sevk ve idare kaabiliyetine, ölçülmez bir cesaret ve şecaata sahip olduğunu ispatladı. Yalnız bizzat Hz. Peygamber'in hadislerinde: "...Ben rahmet Peygamberiyim, ben harp peygamberiyim" (ibn Hanbel IV, 395; V, 405) şeklinde ifadesini bulduğu gibi, zaruri olduğu zaman harp peygamberi olan Hz. Muhammed, aslında sulhu harbe daima tercih ediyordu. Hz. Peygamber'in duyduğu sulh arzusu, hicretin altıncı yılı sonlarında Kureyş'le imzalanan Hudeybiye Musâlahası'nda Kureyş'in ileri sürdüğü, ilk bakışta müslümanlar açısından çok ağır görünen ve hatta Hz. Ömer'in dilinde ifadesini bulduğu üzere Ashabı kiram tarafından "zillet" gibi kabul edilen bir takım şartlar O'nun kabülünü gerektirmişti. Gerçekte bu şartlar daha sonra tamamıyla müslümanların lehine dönüşmüş ve Hudeybiye barış anlaşması "apaçık bir fetih"olmuştu (el-Fetih-48/1 ayetinde bu hususa işaret olunmaktadır). Bu barış sayesindedir ki Kureyş'in İslam'a düşmanlıkta baş çeken reisleri İslam saflarında yer almaya başladı. Yine bu musalaha sayesindedir ki, İslam'ın sesi baştan başa Arap Yarımadası'na ulaştığı gibi Bizans, İran, Habeşistan ve Mısır gibi güçlü ülkelere iletildi ve cihanşümul İslam daveti hızla ilerlemeye başladı.
Bu arada Hicretin sekizinci senesinde Mekke'nin fethedilmiş olması ve Mekke halkının tamamıyla İslamiyet kabul etmeleri sebebiyle müslümanlara hac etme imkanı doğmuştu. Ancak Arap Yarımadası'nda hala mevcut müşrik Araplar da kutsal bir ibadet sayarak Mekke'ye hac yapmaya geleceklerinden ve hac sırasında cahiliye adetlerini irtikap edeceklerinden Hz. Peygamber müşriklerle bir arada bizzat kendisi hac yapmayı uygun bulmadı. Fakat haccetmek isteyenlere de engel olmayarak başlarına Hz. Ebubekir'i hac emîri tayin etti. İşte böylece hicretin dokuzuncu yılı hac mevsiminde bazı sahabiler haccetmek üzere Medine'den yola çıkmışlardı; ki, Hz. Peygamber'e Tevbe (Berâe) Suresi'nin ilk otuzaltı ayeti nazil oldu. Bu ayetler müşriklere verilecek bir ültimatom ve notayı ihtiva ediyor; bundan böyle hac içinde olsa hiç bir gayri müslimin Mekke harem bölgesine giremeyeceği, eskiden cahiliye döneminde Arapların yaptığı şekilde Kabe'nin çırılçıplak tavaf edilmesi adetinin kaldırıldığı; İslam devleti ile andlaşması bulunan müşrikler ile münasebetlerin antlaşma süresi doluncaya kadar andlaşmada belirlenen esaslar içerisinde sürdürüleceği, antlaşma süresi dolunca yeni bir antlaşma cihetine gidilmeyeceği ve bu durumdaki kabilelerin ya müslüman olmak ya da İslam'a düşmanlığı kabul etmek şıklarından birisi ile karşı karşıya kalacakları, antlaşması olmayan veya süresinden evvel antlaşmayı bozmuş olan müşrik Araplara ise dört aylık bir mühletin verildiği, bu mühletin sonunda bu kabilelerin de ya müslüman olmayı ya da İslam'a düşmanlığı kabul durumunda olacakları hükümlerini getiriyordu. İşte bu hükümler, yapılan hac sırasında Arap Yarımadasının muhtelif yerlerinden hac etmeye gelmiş farklı kabilelere mensup müşrik Araplara, Hz. Peygamber'in görevlendirdiği Hz. Ali tarafından tebliğ edildi. Bu ültimatomu alan müşrik Araplar hac sonrasında memleketlerine döndükleri zaman tüm kabile mensupları ile bir durum değerlendirmesi yaptılar ve bu sıralarda Hz. Peygamber'in gönderdiği İslam'ı tebliğ eden gruplara ve görevlilere İslam'ı kabul ettiklerini bildirerek İslam devleti'nin hakimiyetine girdiler. Böylece Hz. Peygamber hicretin onuncu senesinde İslam dinini ve islam hakimiyetini baştanbaşa tüm Arap Yarımadası'na ulaştırmış, görevini layıkıyla yerine getirmiş oluyordu.
Hz. Peygamber, planlı ve sistemli bir şekilde İslam devletini teşekkül ettirmek için içte bu tedbirleri alırken, elbette ülke dışındaki güçleri de hesaba katmak gerekiyordu. Bu bakımdan komşu devletleri tanımak, İslam varlığını onların resmen tanımalarını sağlamak, iyi ilişkiler kurarak İslam'ın yayılmasına imkan hazırlamak üzere Hz. Muhammed, çevresindeki komşu kabileler ile ilişkiler kurdu. Bu arada müslümanlar Mekke'de evlerini barklarını, mallarını mülklerini terkederek dinleri uğrunda yurtlarından ayrılmış olmalarına rağmen İslam'a kin ve husumetleri durmak bilmeyen Kureyş müşriklerinin düşmanca faaliyetleri, onlara yönelik bazı askerî seferler düzenlenmesini gerekli kıldı. Hz. Peygamber'in hicretinden sonra Kureyş ileri gelenleri Medine'deki Yahudi ve münafık reislerine mektuplar ve haberler göndererek onları İslam'a karşı kışkırtıyor, kendileriyle işbirliğine çağırıyor, ayrıca kendilerine yardımcı olmadıkları takdirde sadece Müslümanları yok etmekle kalmayacaktarı, onlara yataklık ettikleri için gayri müslim de olsa Medine'deki herkesi cezalandıracakları tehdidini savuruyorlardı. Bu düşmanlık ve tehditler, sadece sözde kalmadı ve zamanla uygulamaya konuldu. Hicretin üzerinden henüz yeni bir yıl geçmişti ki Kürz b. Cabir el-Fihrî adlı bir müşrik, yanındakilerle birlikte Medine'nin dış meralarında otlayan sürülere bir baskın yaptı ve bir miktar zarara yol açtı. Bunun üzerine Hz. Peygamber, Kürz b. Cabir'i takibe çıkmış, bu tür tecavüzlerin tekrarlanmaması için gerekli tedbirleri de almıştır, işte bu tedbirlerden biri olarak çıkarılan Abdullah b. Cahş seriyyesinde ilk kez müslümanlarla müşrikler arasında çatışma çıktı ve kan döküldü (2/624). Bu çatışma sırasında müşrik ileri gelenlerinden Amr b. el-Hadramî öldürülmüştü: Harp için zaten fırsat kollayan Mekke müşrikleri bunun intikamı için derhal harekete geçtiler. Bu arada geliri ile harp masraflarını karşılamak üzere çıkarılan Ebû Süfyan kervanının Hz. Peygamber tarafından takip altına alınması, Kureyş'ir harp niyetini hızlandırdı ve Bedir Gazvesi vuku buldu (2/624). Bedir harbi, müşriklerin tam bir hezimeti ile sonuçlanmış ve İslam devleti azılı bir çok düşmanından kurtulmuştu. Bu arada Hz. Peygamber'in İslam devleti'nin vatandaşları kabul ettiği, bu sebeple de kendiler ile anlaşma yaparak can ve mal güvenliklerini sağladığı din ve vicdan hürriyetlerini tanıdığı Yahudi kabilelerinden Kaynuka oğulları'nın serkeşlikleri ortaya çıktı. Bedir savaşının sonucu karşısında duydukları üzüntü, Kureyşlilere ulaştırdıkları taziyeler, ikaz ve nasihatlara karşı serkeş tavırları ve bütün bunlara ilave olarak müslümanların ırz ve namuslarına tasallut edip bir de müslümanı öldürmeleri, Medine'den onların sürülmeleri neticesini doğurdu. (2/624). Böylece İslam devleti bizzat içte önemli bir tehlikeyi ve bir çıbanbaşını bertaraf etmiş oluyordu. Bunu izleyen yıllarda vuku bulan ve islam tarihi kaynaklarının bütün teferruatı ile naklettiği Uhud , Benu'n-Nadir, Benül-Mustalık, Hendek, Benü Kureyza Hayber, Mekke fethi, Huneyn, ve Tebük gibi büyük gazveler başta olmak üzere Hz. Peygamber'in bütün seferleri ile çıkarılan bir seri seriyye hep İslam devtetinin giderek daha da güçlenmesini sağlamıştır. Ayrıca bütün bu seferler ve muharebeler, Hz. Peygamber'in eşsiz bir komuta gücüne, büyük bir sevk ve idare kaabiliyetine, ölçülmez bir cesaret ve şecaata sahip olduğunu ispatladı. Yalnız bizzat Hz. Peygamber'in hadislerinde: "...Ben rahmet Peygamberiyim, ben harp peygamberiyim" (ibn Hanbel IV, 395; V, 405) şeklinde ifadesini bulduğu gibi, zaruri olduğu zaman harp peygamberi olan Hz. Muhammed, aslında sulhu harbe daima tercih ediyordu. Hz. Peygamber'in duyduğu sulh arzusu, hicretin altıncı yılı sonlarında Kureyş'le imzalanan Hudeybiye Musâlahası'nda Kureyş'in ileri sürdüğü, ilk bakışta müslümanlar açısından çok ağır görünen ve hatta Hz. Ömer'in dilinde ifadesini bulduğu üzere Ashabı kiram tarafından "zillet" gibi kabul edilen bir takım şartlar O'nun kabülünü gerektirmişti. Gerçekte bu şartlar daha sonra tamamıyla müslümanların lehine dönüşmüş ve Hudeybiye barış anlaşması "apaçık bir fetih"olmuştu (el-Fetih-48/1 ayetinde bu hususa işaret olunmaktadır). Bu barış sayesindedir ki Kureyş'in İslam'a düşmanlıkta baş çeken reisleri İslam saflarında yer almaya başladı. Yine bu musalaha sayesindedir ki, İslam'ın sesi baştan başa Arap Yarımadası'na ulaştığı gibi Bizans, İran, Habeşistan ve Mısır gibi güçlü ülkelere iletildi ve cihanşümul İslam daveti hızla ilerlemeye başladı.
Bu arada Hicretin sekizinci senesinde Mekke'nin fethedilmiş olması ve Mekke halkının tamamıyla İslamiyet kabul etmeleri sebebiyle müslümanlara hac etme imkanı doğmuştu. Ancak Arap Yarımadası'nda hala mevcut müşrik Araplar da kutsal bir ibadet sayarak Mekke'ye hac yapmaya geleceklerinden ve hac sırasında cahiliye adetlerini irtikap edeceklerinden Hz. Peygamber müşriklerle bir arada bizzat kendisi hac yapmayı uygun bulmadı. Fakat haccetmek isteyenlere de engel olmayarak başlarına Hz. Ebubekir'i hac emîri tayin etti. İşte böylece hicretin dokuzuncu yılı hac mevsiminde bazı sahabiler haccetmek üzere Medine'den yola çıkmışlardı; ki, Hz. Peygamber'e Tevbe (Berâe) Suresi'nin ilk otuzaltı ayeti nazil oldu. Bu ayetler müşriklere verilecek bir ültimatom ve notayı ihtiva ediyor; bundan böyle hac içinde olsa hiç bir gayri müslimin Mekke harem bölgesine giremeyeceği, eskiden cahiliye döneminde Arapların yaptığı şekilde Kabe'nin çırılçıplak tavaf edilmesi adetinin kaldırıldığı; İslam devleti ile andlaşması bulunan müşrikler ile münasebetlerin antlaşma süresi doluncaya kadar andlaşmada belirlenen esaslar içerisinde sürdürüleceği, antlaşma süresi dolunca yeni bir antlaşma cihetine gidilmeyeceği ve bu durumdaki kabilelerin ya müslüman olmak ya da İslam'a düşmanlığı kabul etmek şıklarından birisi ile karşı karşıya kalacakları, antlaşması olmayan veya süresinden evvel antlaşmayı bozmuş olan müşrik Araplara ise dört aylık bir mühletin verildiği, bu mühletin sonunda bu kabilelerin de ya müslüman olmayı ya da İslam'a düşmanlığı kabul durumunda olacakları hükümlerini getiriyordu. İşte bu hükümler, yapılan hac sırasında Arap Yarımadasının muhtelif yerlerinden hac etmeye gelmiş farklı kabilelere mensup müşrik Araplara, Hz. Peygamber'in görevlendirdiği Hz. Ali tarafından tebliğ edildi. Bu ültimatomu alan müşrik Araplar hac sonrasında memleketlerine döndükleri zaman tüm kabile mensupları ile bir durum değerlendirmesi yaptılar ve bu sıralarda Hz. Peygamber'in gönderdiği İslam'ı tebliğ eden gruplara ve görevlilere İslam'ı kabul ettiklerini bildirerek İslam devleti'nin hakimiyetine girdiler. Böylece Hz. Peygamber hicretin onuncu senesinde İslam dinini ve islam hakimiyetini baştanbaşa tüm Arap Yarımadası'na ulaştırmış, görevini layıkıyla yerine getirmiş oluyordu.
